Вестник (серия: физико-математические и естественные науки), №1/2024

Манукян А. Обращение Мура-Пенроуза трехдиагональных косоэрмитовых матриц с нулевыми диагональными элементами

АННОТАЦИЯ. ВНастоящая статья посвящена выводу явных выражений для элементов обратной матрицы Мура-Пенроуза в случае трехдиагональных косоэрмитовых матриц с нулевыми диагональными элементами. На основе полученных формул получен оптимальный, в смысле объема вычислительных затрат, численный алгоритм.
Ключевые слова: обращение Мура-Пенроуза, косоэрмитовая матрица, трехдиагональная матрица.  

Арамян Р.Г., Апинян Л.А. Восстановление эллипса по распределениям хорд по направлениям 

АННОТАЦИЯ. Задача нахождения информации или полного восстановления выпуклых тел по распределениям характеристик к-мерных сечений – одна из основных задач стохастической томографии. Данная работа посвящена восстановлению эллипса на плоскости через распределения случайных хорд по направлениям. Предлагается алгоритм восстановления..
Ключевые слова: эллипс, выпуклость, функция распределения, опорная функция, восстановление эллипса.  

Алтунян В.Н. Сравнительный анализ инструментов для расчета корректированного симметрией RMSD в молекулярном докинге 

АННОТАЦИЯ. Точный расчет RMSD, особенно с учетом коррекции симметрии, имеет важное значение для надёжного сравнения молекул в вычислительной химии. В данном исследовании проводится сравнительный анализ трех современных инструментов для расчета RMSD с целью оценки их точности, частоты сбоев и вычислительной эффективности в различных молекулярных сценариях. Используя два крупных набора данных, каждый из которых содержит примерно 2000 молекулярных структур, инструменты анализируются в контексте молекулярного докинга. Эти наборы данных взяты из известных молекулярных баз данных и включают в себя разнообразие
структур, что позволяет оценить инструменты в испытательных условиях. 
Ключевые слова: RMSD с коррекцией симметрии, молекулярный докинг. 

Фаградян А., Багдасарян Т., Мелконян В., Саакян В., Киракосян Л.,
Оганесян О., Саргсян С., Дарбинян А. Сравнение и улучшение методов обнаружения изменений 

АННОТАЦИЯ. Данная статья посвящена сравнительному анализу различных методов обнаружения изменений (CD), известных своими многообещающими результатами. Внедряя такие коррективы, как сопоставление изображений, скользящее окно и наш предложенный метод – Гауссово скользящее окно, эти методы были обучены на различных наборах данных CD, чтобы достичь наиболее эффективного решения для предложенной проблемы. 
Ключевые слова: обнаружение изменений, Трансформеры, Сопоставление изображений, БПЛА, аэрофотоснимки. 

Мелентьева Д.М., Зернов Н.А., Камарян В.С., Унанян Л.С., Попугаева Е.А. Влияние модуляторов TRPC6 на актиновый цитоскелет in vitro 

АННОТАЦИЯ. В данных экспериментах оценивался эффект модуляторов канала плазматической мембраны TRPC6, оказываемый на клеточный актин. В качестве агонистов применялись соединения GSK1702934A 
С20, Z12-30 в качестве блокатора SKF96365. Эксперименты проводились на первичной культуре фибробластов, а также на нейронах первичной гиппокампальной культуры.
Ключевые слова:  TRPC6, нейродегенерация, актиновый цитоскелет, нейрон.  

Паронян А.К. Сравнительный анализ программ предсказания структур белков на примере 14-3-3 

АННОТАЦИЯ. Изучение третичных структур белков очень важно для понимания молекулярных механизмов действия, особенно если данный белок играет ключевую роль в патогенезе заболеваний. На данный момент имеется большой спектр программных пакетов и серверов, позволяющие смоделировать полноразмерные структуры белков, исходя из аминокислотной последовательности. В данной работе были рассмотрены три наиболее используемые и точные программы по предсказанию структур белков: “AlphaFold2”, “Rosetta”, “I-TASSER”.
Ключевые слова: моделирование структур белков, “in silico”, “AlphaFold2”, “Rosetta”, “I-TASSER”.  

Давитавян С.С. Мульти-омикс исследование опухоли молочной железы

АННОТАЦИЯ. Факторы, влияющие на развитие опухоли, разнообразны и неоднозначны. Существует необходимость в разработке новых подходов к сбору данных, которые будут способствовать эффективной диагностике
заболеваний, прогнозированию и мониторингу прогресса заболеваний. Целью исследования является выявление закономерностей генетических изменений, которые обуславливают изменения экспрессии в опухолевых образцах. Мульти-омиксные данные для анализа основных проявлений генетических изменений были получены из базы данных GDC. Мы использовали алгоритмы самоорганизующейся карты (ML-SOM) для кластеризации и уменьшения размерности данных. Такой подход позволяет выделить наборы факторов, связанных с опухолью и предоставляет информацию о распределении мульти-омиксных генетических данных среди образцов. 
Ключевые слова:  опухоль молочной железы, мульти-омиксные данные, самоорганизующиеся карты.  

Котлов Н.Ю. Валидация прогностической силы подтипов микроокружения крупноклеточной лимфомы при лечении
обинутузумабом в первой линии 

АННОТАЦИЯ. Стандартным лечением диффузной крупноклеточной лимфомы все еще остается комбинация иммуно-химиопрепаратов R-CHOP (ритуксимаб, циклофосфамид, доксирубицин, винкристин, прелнизон).
При этом до 40% пациентов не достигают стабильной ремиссии. Обинутузумаб – моноклональное антитело против Б-клеточного рецептора CD20, которое тестируется в клинических испытаниях в качестве альтернативы ритуксимабу в виде комбинации G-CHOP. Микроокружение лимфом играет значительную прогностическую роль при лечении R-CHOP в первой линии. В данном исследовании была подтверждена ассоциация подтипов LME-GC, LME-MS с лучшим прогнозом, чем у подтипа LME-DE при лечении комбинацией G-CHOP в первой линии на данных клинического испытания GOYA.
Ключевые слова: диффузная крупноклеточная лимфома, микроокружение лимфом, прогностические биомаркеры.